克林霉素凝胶主要治疗细菌性阴道病，并且治疗支原体和衣原体的感染，在临床上用药基本上三天左右会见效。如果要达到痊愈，最好连续用药一个星期，根据临床的症状再决定是否需要停药。假如临床症状已经消失，停药三天之后去医院做相应的化验检查。
假如原来的病原菌已经通过检查发现消失了，可以停止用药。在用药期间不可以有性生活，保持外阴清洁。由于凝胶用完之后可能会有一部分排出阴道之外，建议在用药期间最好用卫生巾，不至于使药物流到内裤上。另外，在用药期间，一定要在饮食上给予注意，不要吃酸辣以及刺激性的食物。
一般三天就会见效。克林霉素磷酸酯凝胶正确的用法用量为局部外用，用温水洗净患处，轻轻擦干后，取适量凝胶在患处涂一薄层。药物必须要在医生的指导下使用。常见不良反应有：局部皮肤干燥、接触性皮炎、皮肤刺激反应、过敏症状、腹痛、胃肠不适、眼睛刺痛等。个别可能有腹泻、血样腹泻、假膜性结肠炎等。
克林霉素磷酸酯凝胶吸收后，可水解成克林霉素发挥抗菌作用，尤对痤疮丙酸杆菌具有较好的抗菌活性。克林霉素磷酸酯凝胶还可使皮肤表面的脂肪酸减少，从而有利于痤疮的治疗。注意在使用克林霉素磷酸酯凝胶的过程中，患者应小心避免接触眼睛和其他黏膜(如口、鼻等)，若误进眼睛，应以清水彻底冲洗。用药部位如有烧灼感、瘙痒、红肿等情况应停药，并将局部药理洗净，必要时向医师咨询。