首先香砂养胃丸和香砂六君丸的区别主要体现在成分上，香砂养胃丸由木香、砂仁、白术、陈皮、茯苓、制半夏、香附、枳实、豆蔻、厚朴、广藿香、甘草等中药要加工而成;而香砂六君丸的则是木香、砂仁、党参、白术(炒)、茯苓、炙甘草、陈皮、半夏(制)、生姜、大枣。
其次，表现在功效上，比如香砂养胃丸温中和胃。用于胃阳不足、湿阻气滞所致的胃痛、痞满，症见胃痛隐隐、脘闷不舒、呕吐酸水、嘈杂不适、不思饮食、四肢倦怠。而且现在临床上香砂养胃丸被应用于多种消化系统疾病，如急慢性胃炎、胃与十二指肠溃疡、老年性肠功能紊乱及胃神经官能症，胃大部分切除后的胃痛、呕吐、纳呆等。
香砂六君丸用于脾胃气虚、湿阻痰聚、气滞胃逆所引起的胃脘痛、呕吐、消化不良、嗳气食少、头晕肢乏、面色萎黄、口淡多痰、时吐清水或大便塘泄等症。现代多用于胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性胃炎、慢性肝炎、慢性胆囊炎、妊娠反应、胃下垂等症。
最后，其实香砂养胃丸加理气的香附枳实，和温燥的豆蔻厚朴，健脾化湿兼顾，而且药性温和;而香砂六君丸重用白术茯苓，侧重于化湿，一般是湿重于脾气虚才吃，而且药性平和。