益母草和艾草的区别主要是药物的性质、药物的功效，药物的适应证和使用的方法不同。
1、药物的性质：益母草和艾草都属于比较常见的，中肠药也是妇科比较常用的药物。益母草相对来说性质比较温寒，但是对于体质虚寒者的患者，在使用益母草的时候需要谨慎，而艾草性质比较温和，但是具有毒素成分。
2、药物功效：益母草属于一种比较常见的药物，能够起到活血化瘀清热解毒的作用，另外还能够起到利尿消肿的效果，而艾草能起到疏通经络和祛湿散寒的作用，另外还能够起到止血止痛的作用，但是需要在医生指导下使用。
3、药物的适应证：益母草属于一种比较常见的中草药，对于治疗女性月经不调或者是恶露不尽，以及痛经或者是闭经的症状，能够起到很好的缓解效果，而艾草主要是用来治疗崩漏经寒不调，以及功能不孕等症状，另外也可以用于治疗皮肤瘙痒，或者是体内湿气寒气比较重。
4、使用的方法：益母草大多是炮制成胶囊或者是颗粒，另外也可以制作成膏剂来使用，一般会通过口服或者是注射的方式来治疗。而艾草是制作成艾条或者是艾炷，通过针灸或者是熏洗的方式来达到治疗的效果。