少数婴儿足跟血不合格，具体的还是要根据婴儿的机能以及遗传基因做决定的，足跟血试验主要是检测身体的甲状腺功能减退症和苯丙酮尿症，如果足跟血不合格一般分为两种情况，一种是原有遗传病，另一种可能是胎儿存在着某种疾病所造成的。
1、遗传病：足跟血可以检测出宝宝是不是身患苯丙酮尿和甲状腺素降低症，因为这两种病症会影响到婴儿的智商，足跟血不合格一般是由于近亲结婚有关，也可能是母亲的甲状腺激素出现障碍或者是缺陷，遗传给胎儿所引起的，如果足跟血不合格，需要停止喂母乳，还要定期的复查宝宝血液当中的苯丙氨酸浓度，还要每隔半年到一年左右的时间对宝宝做体育、智力、发育检测。
2、疾病：新生儿的免疫力和抵抗力都会比较低下，而且身体的器官都还没有发育健全，可能会出现疾病的情况，如果做足跟血出现不合格的症状，需要到当地新生儿科筛查中心复查，查看是何原因造成的，不可以延误病情，避免身体出现不良的症状而影响到身体的正常发育。