男性尿道口长了一个小肉芽有可能是尿道炎、尖锐湿疣、肉芽肿等原因，需要根据原因对症治疗。
1、尿道炎：可能是尿道感染了金黄色葡萄球菌等细菌引起，容易使尿道出现发炎和引起尿道口红肿以及疼痛，还可能会出现小肉炎症。可以在医生指导下使用左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物治疗。
2、尖锐湿疣：可能是男性感染人乳头瘤病毒原因，容易导致生殖器尿道口出现小肉芽生长，可能会出现菜花状。一般可以通过激光或是冷冻方法治疗。
3、肉芽肿：多数是长时间慢性炎症刺激引起，容易使男性尿道口出现肉芽肿，容易引起疼痛等不良症状。一般可以通过冷冻或是外科手术等方法治疗。