阴茎根部有肉疙瘩很可能是毛囊炎引起的，也不排除是出现了细菌滋生，如果患有尖锐湿疣也会伴随着阴茎根部有肉疙瘩，可以选择在医生指导下使用消炎药物治疗，也可以使用抗菌和抗感染的药品，同样可以使用抗病毒药物，要根据原因决定。
1、毛囊炎：阴茎根部长出了肉疙瘩一般和毛囊炎有关系，比如在生活当中经常不注意皮肤的清洁卫生，就会伴随着毛囊部位炎症感染，也可能会受到刺激，这时候会长出肉疙瘩，服用消炎药物后能慢慢改善。
2、细菌感染：经常不注意阴茎部位清洁卫生或者是经常吃辛辣刺激性食物，很可能会伴随着阴茎部位细菌感染，同样或长时间穿不透气的内裤也有关系，确定之后可以在医生指导下使用抗菌以及抗感染药物治疗。
3、尖锐湿疣：尖锐湿疣是属于一种性病，如果有不良的性生活或者是接触到了病毒感染者，就可能会造成阴茎部位长出一些凸起的疙瘩，还可能会像菜花状一样，要及时到医院确诊，然后使用抗病毒药物治疗，恢复期间必须注意隔离，避免传染给其他人。