肛瘘手术可能会出现明显的疼痛症状，也可能会出现痛苦的情况，但是不是在手术的过程中，通常是在手术后。
因为肛瘘手术是一种比较常见的肛瘘，手术通常需要选择局部麻醉或者是全身麻醉的方式采取的手术切除，会达到麻木神经效果，也会让患者处于无意识的状态，手术过程中不会有明显的疼痛症状，手术过后以及麻药代谢以后会因为没有办法做缝合，属于敞开状态，疼痛的会比较强烈一些，也会有明显的痛苦。
肛瘘手术要做好后期的护理工作，每隔24小时更换敷料，如果伤口比较大的患者，需要间隔48小时以后更换敷料，还需要每天坚持检查窗口的卫生，可以避免局部出现粘连引起引流不畅的情况，也能减少感染的几率发生，对于窗口内芽组织的生长会有帮助作用，也能加速伤口的愈合。还需要多吃一些优质蛋白和新鲜的水果蔬菜，不仅能够补充体内所需的营养物质，也能缩短伤口恢复时间。在里面含有的水分以及纤维素能够达到润滑肠道的效果，有助于大便排出减少大便排出困难。