结缔组织病的发病原因未有结论，可能是在基因遗传激素调节作用失衡的基本上，对本身组织毁坏、衰退和基因变异的成份出現自身抗体，进而造成免疫病理全过程。
结缔组织病的发病原因未有结论。因为结缔组织病合拼有针对性红斑狼疮、皮肌炎和针对性硬化症的混和主要表现，因此 对该病到底是一种单独病症還是同一种病症的不一样亚型，都还存有着异议。但是总体而言以自身免疫理论为认可，即可能是在基因遗传激素调节作用失衡的基本上，对本身组织毁坏、衰退和基因变异的成份出現自身抗体，进而造成免疫病理全过程。
实际原因为：
1、T淋巴细胞作用不高
基因遗传大家族剖析证实，但凡含有人白细胞计数抗原体-B8（HLA-B8）者，均非常容易产生混合型胶原病，并且其抑制型T淋巴细胞（T8体细胞）作用不高。有些人觉得B8可能是免疫反应控制失衡的标示。抑制型 T淋巴细胞与免疫反应遗传基因控制相关，当T淋巴细胞作用不高时，免疫反应遗传基因即丧失控制，結果造成身体免疫力失衡（细胞免疫和免疫细胞失衡）。当抑制型T淋巴细胞作用不高时，可造成细胞免疫较为亢奋，免疫细胞不高。T8体细胞还能抑制自身免疫的反映性，它的作用一旦破损，就可出現本身抗原和抗体反映，产生免疫复合物。抗原体产能过剩产生的可溶免疫复合物，又可使血液循环系统而抵达人体别的内脏器官，并在那里沉定和造成组织损害。
2、病毒感染感染
病毒感染感染造成自身免疫功能问题的体制可能有下列几层面：
（1）受病毒感染感染的T体细胞细胞毒功效提高，造成组织体细胞毁坏。
（2）病毒感染感染的T体细胞作用受抑止，造成提高的B体细胞产生抗体。