16号染色体异常可能是遗传因素引起的，也可能是基因突变导致的，另外也不排除与长期处在辐射的环境造成的。
1、遗传因素：如果双方夫妻16号染色体都出现了异常，那么孩子在出生以后16号染色体也会有异常，有一定的遗传性。
2、基因突变：女性在怀孕或备孕期间，如果接触了不良的物质或经常吸烟喝酒，可能会使宝宝精子产生染色体的问题或卵子产生染色体的问题，这种情况属于遗传受精卵胚胎染色体有问题。
3、长期处在辐射环境：女性在怀孕三个月之内，如果接触了不良的物质不良的药物以及射线等因素，容易导致宝宝出现染色体突变及染色体问题，比如染色体出现缺失、染色体位置发生改变、染色体畸形等，从而使16号染色体出现异常。
16号染色体异常会导致胎儿发生畸形的风险较高，很有可能造成孕妇出现早产、流产，甚至死胎的情况，影响到生育功能，以便宝宝能够顺利的出生，由于16号染色体异常会有一些相应的疾病，比如智力低下、生长发育迟缓等。