脚底长水疱一般可以使用消炎药膏或者是抗过敏药膏，同时也可以采取抗真菌药物治疗。但是在使用药物治疗之前，需要先去医院皮肤科做相关检查，查明具体引起脚底长水疱的原因，然后针对病因进行改善。
1、消炎药膏：如果是由于脚底局部受到了细菌感染，伴随着当时的症状，需要在医生指导下可以使用一些消炎类的药膏进行治疗，比如红霉素软膏、夫西地酸钠软膏等。
2、抗过敏药物：如果是接触到了动物皮毛或者花粉伴随着过敏症状，导致局部出现的脏水疱的症状，需要在医生指导下合理服用抗过敏类的药膏做治疗，比较常用的药膏有丁酸氢化可的松软膏、乙氧苯柳胺软膏，通过这些药物能够减轻局部出现的瘙痒以及疼痛等症状。
3、抗真菌药膏：如果是由于真菌感染引起的脚气，导致局部出现的长水疱的症状，需要遵医嘱合理使用抗真菌类的药膏进行治疗，比较常用的药物有特比萘芬软膏、卡苯达唑乳膏等。
在使用药物治疗疾病过程当中，需要做好局部的卫生护理措施，避免长时间走路，否则会影响好转。