龟头流脓一般不会自然好，需要配合医生积极的治疗，可以使用药物的方法才可以达到治疗目的。
患者首先需要到医院查明造成龟头流脓的原因后，才可以及时的配合医生，积极的针对治疗，有可能是包皮过长，及时清洁不到位，很可能会引起尿液淤积，细菌大量繁殖，引起龟头炎形成，所以龟头表面会出现脓液，排除有可能是病毒菌性龟头炎可能是真菌感染龟头，甚至患者还可能会伴有明显的瘙痒症状，也有可能是因为局部皮肤受到破损后，会使细菌继发感染，出现流脓的症状，通常和不注重个人卫生，比如共同使用浴巾，也有可能是不洁的性生活等原因都有可能会使阴道毛滴虫感染，也有可能是支原体以及衣原体感染后引起的一种疾病。
治疗龟头流脓，最常见的可以遵医嘱口服头孢菌素类药物为主，还要注意及时的清洗，保持干燥，及时的更换内衣，如果是包皮过长引起的，可以到医院通过手术的方式切除多余的包皮，才可以使病症得到好转，例如包皮环切术，避免盲目的口服药物，影响最佳治疗效果。