龟头内侧有小肉刺可能是尖锐湿疣所造成的，也可能是过敏性湿疹所引起，也不排除是毛囊炎症，还需要根据不同的问题原因来选择针对性的治疗措施。
1、尖锐湿疣：尖锐湿疣是受到了HPV病毒感染所引起的一种疾病，但有了不良的性生活或者是高危性生活之后都有可能会导致交叉感染，也会在龟头以及肛门周围出现很多的小疣体，龟头的内侧也会出现小肉刺的症状，在早期的时候并不会出现明显的瘙痒感，但随着病情的发展就有可能会引起剧烈的瘙痒感，肉刺周围也会常见为糜烂状和疼痛的感觉。需要通过激光以及冷冻的方法来做治疗，还需要配合注射干扰素来治疗。
2、过敏性湿疹：在阴茎接触到过敏原刺激之后，也可能会导致皮肤上面出现过敏性的红疹，并伴有瘙痒感和疼痛感，也会看起来像是小肉刺的一样。可以在医生指导下，通过口服盐酸西替利嗪片和氯雷他定片等药物治疗。
3、毛囊炎：阴茎部位的毛囊受到细菌感染之后，就有可能会导致毛囊炎，也可能会引起局部相对一个比较大的脓包，并伴有疼痛感。可通过使用红霉素软膏和莫匹罗星软膏来涂抹。