肛瘘可以选择用消炎的药物比较好，比如说外用药物或者是口服药物，不过不能够确定哪一种药物最好。
1、外用药物：肛瘘通常肛门周围会有脓性的分泌物，因为分泌物刺激还会伴随着瘙痒的症状，如果有脓肿的形成还会出现明显疼痛，应该局部用药膏治疗，比如说红霉素软膏或者是金黄膏等，严格遵从医生指导，涂抹药膏后，药物成分可以直达病灶，缓解病情的症状。
2、口服药物：出现肛瘘在外用药物治疗的同时效果不理想，可以选择口服药物治疗，比如说阿莫西林或者是甲硝唑等，能够起到抗感染的效果，控制病情的发展。
肛瘘属于肛肠外科的一种常见疾病，有可能会出现经久不愈或者是间歇性反复发作，药物治疗并不属于是最好的治疗方法，首先应该保持大便通畅，多吃膳食纤维丰富的食物，增加大便体积，软化大便，促进大便排出，减少粪便对于肛瘘内口刺激。
首选的方法是手术治疗，切开肛瘘或者是切除肛瘘，手术的方法有瘘管切开术或者是肛瘘切除术，根据个人的病情情况选择合适的手术类型。