扁桃体结石可以通过身体的症状以及检查方式做诊断，确诊之后选择合适的方式治疗。
1、身体症状：出现扁桃体结石可能会出现张口困难、吞咽困难，也可能会出现咽喉疼痛、耳朵疼痛，结石的位置存在化脓性感染的时候，咽喉的位置会出现不舒服，还会出现反射性耳痛，严重的时候会出现言语含糊不清、张口困难、口水增多，结石比较小，可能会在扁桃体腺管或者是隐窝的位置阻塞，出现引流不畅，导致食物残渣的堆积及细菌繁殖，口腔当中会有明显的臭鸡蛋味道，甚至影响到正常的工作和生活，扁桃体的位置有小白斑，有一部分是看不到的。
2、检查：出现了上述症状，需要到医院做探针探查，触及到之后有沙沙声，可能是扁桃体或者是舌腭弓的位置存在流脓窦道或者是肉芽肿，也可以通过手指扪诊，更容易查出深部的结石，做X线检查或者是组织切片检查等。
如果结石比较小，可以选择用钳子取出，一小部分可以选择负压吸引，如果结石比较大，为了避免坠入呼吸道，可以在表面做麻醉之后将黏膜切开取出结石。