新生儿心脏有3mm小孔，就要根据疾病的原因选择合适的治疗方法。如果是由于房间隔缺损造成的，可以通过要间隔缺损修补术进行治疗。如果是由于室间隔缺损造成的，可以通过服用药物的方法来进行治疗，也可以通过进入手术进行治疗，比如室间隔缺损封堵术等。
1、房间隔缺损：该疾病在临床上主要是通过心电图及右心导管检查来明确诊断，可以观察到患者是否出现心脏扩大以及血液循环障碍的情况，通常会伴随着身体乏力、生长迟缓等症状，还可能会引起肺部反复感染的情况，可以对缺损部位使用涤纶补片进行修补。如果效果不佳，可以进行微创的房间隔缺损封堵术。
2、室间隔缺损：在临床上主要通过心电图以及心脏超声心动图检查来明确诊断，可以观察到缺损的大小以及血液循环情况。如果出现身体水肿的情况，可以遵医嘱肌肉注射利尿剂来进行治疗，比如呋塞米等。如果患者出现心跳不规则的情况，可以遵医嘱使用美托洛尔进行治疗。还可以通过介入手术进行动脉穿刺以及封堵，达到治疗的目的。