怀孕四十天有褐色分泌物腰酸可能是正常现象、阴道炎、异位妊娠等因素导致的，需要及时到医院查明病因后针对性的治疗。
1、正常现象：怀孕早期会有褐色的分泌物，主要是由于受精卵着床造成，是属于正常现象的，一般不需要过多的担心。
2、阴道炎：可能是由于阴道炎的原因引起的，平时不注意个人的清洁卫生，可以使用温水进行清洗，身体无不适的症状不需要治疗。
3、异位妊娠：可能是由于异位妊娠的原因引起的，可能会导致阴道分泌物增多或者腰酸、腹痛等症状，一旦确诊异位妊娠，需要及时无痛人流手术、药物流产等方式治疗。
除此之外，也有可能是由于先兆流产等因素有关，患者需要在医生的指导下通过保胎治疗，还需要多注意。