在细胞周期中，间期、初期或中、末期，一些染色质或染色质的一些一部分的固缩常较别的的染色质前些或晚一点，其上色较深或偏浅，具备这类固缩特点的性染色体称之为异染色质（heterochromatin）。具备强嗜偏碱，上色深，染色质丝包裝伸缩密不可分，与常染色质对比，异染色质是基因表达不活跃性一部分，为非特异性基因表达区，真核生物能够根据异染色质化而关掉基因的表达。多在晚S期拷贝。
界定
异染色质分成构造异染色质和作用异染色质二种种类。构造异染色质就是指各种体细胞在全部细胞周期内处在凝结情况的染色质，多定坐落于着丝粒区、端粒区，带有很多高宽比反复次序的Dna（DNA），称之为卫星DNA（satelliteDNA）。作用异染色质只在一定体细胞种类或在微生物一定发育过程凝结，如雌虫哺乳类动物含一对X性染色体，在其中一条自始至终是常染色质，但另一条在胚胎发育过程的第16～18天变成凝结情况的异染色质，此条凝结的X性染色体在间期产生上色深的颗粒物，称之为巴氏小体（Barrbody）。
区别
常染色质易被碱性染料染上浅色系，或对福尔根反映呈弱阳。异染色质易被碱性染料染上深棕色，或对福尔根反映呈阳性。
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异染色质上色较深，常坐落于细胞质的边沿和核仁周边，组成核仁相伴染色质的一部分。能够分成功能性异染色质（constitutiveheterochromatin）和兼性异染色质（facultativeheterochromatin）二种。
1.功能性异染色质是各种体细胞的全部发育阶段上都处在凝结情况的染色质。该类染色质多坐落于性染色体的着丝粒区，端粒区，次缢痕，及其Y染色体挖机加长臂远侧2/3区间，带有高宽比反复的DNA序列，沒有基因表达特异性，是异染色质的关键种类。
2.兼性异染色质是在特殊体细胞的某一发育过程由原先的常染色质丧失基因表达特异性，转化成凝缩情况的异染色质，二者的转换可能与基因的表达管控相关。比如，女士生殖细胞中的两根X性染色体在胚胎发育过程初期全是有特异性的常染色质，约在胚胎发育过程的第16天，在其中一条x染色质丧失特异性转化成异染色质，在核膜内缘产生高宽比汇集的浓上色小体，即x染色质。
作用
有关异染色质的作用，还未深入了解。但下列的几个方面是显著的。
1结构性异染色质能够提升着丝点区，使着丝粒平稳，以保证性染色体分离出来。
2能够防护和维护关键遗传基因（比如NOR区的18S和28S遗传基因），避免或降低基因变异和互换。
3推动种群分裂，同源染色体可根据其异染色质区的反复编码序列在减数分裂时匹配，这类匹配能协助性染色体总长的联会。反复编码序列中能够容下突然变化，从而产生新的不一样反复编码序列，从而而推动种群的分裂和产生。
4有益于非必要遗传基因在生存竞争中淘汰。
5具备黑斑部位效用，能造成常染色质异染色质化，使在其中的基因的表达遭受抑止。
6异染色质能够从2个层面参加遗传基因管控：一是根据一种与“异染色质化”相关的全过程，使大部分大面积段的染色质构造关掉;二是根据平稳大量的已对外开放的染色质构造来防止其关掉构造情况的存有。