细菌与人类的关系相互依赖、互利共存、寄生等关系。细菌与人类的关系主要分为病原微生物，有益菌和有害菌等，人体当中含有大量的菌群，当身体的菌群出现失调会出现疾病。
1、相互依赖：有些对人体有害的细菌会存在于生活的各个方面，比如在蒸馒头时会放入酵母菌和其他的真菌一起能有效的发酵食物，食醋在制作过程中也会引起碳酸碱作为转化为酒精的成分，对身体也会有一定的好处。
2、共利共存：细菌会寄存在身体体内，比如肠道当中的益生菌，会有效的促进肠胃的蠕动，改善便秘现象，部分细菌在体内还会产生免疫抗体，对于保障防御身体能起到不可或缺的作用，维持体内的菌群平衡。
3、寄生：部分细菌会寄生在人体的呼吸道当中，细菌增多会引起上呼吸道感染，会危及到生命健康，细菌引起的上呼吸道感染，可以在医生的指导下服用抗菌类的药物治疗，比如遵医嘱服用青霉素或者头孢药物，能有效的消灭细菌，改善局部的炎症。
细菌离开人体一般不可以独自存活，而人与细菌是共生关系，身体当中的某些机关如果离开有益菌群，也会出现失调。