结 肠镜
优点：可直接观察病变，范围可及全结肠，没有盲区，能同时取病理标本，做某些内镜下治疗，减少部分外科手术。该项检查被认为是结肠肿瘤诊断的重要手段。
缺点：术前准备，尤其是肠道清洁处理稍显麻烦。诊断准确性受内镜医师的经验与操作技术熟练程度影响甚大，有一定比例的并发症，主要是出血与穿孔，少数会发生心血管突发事件。无痛肠镜可减少不适感，但增加麻醉风险，且收费要高一些。
适应证：筛查、确诊、随访与治疗，可谓全天候手段。
具体包括：肠道本身或全身疾病引起的肠道病变;结肠息肉、早期结直肠肿瘤、出血、炎症性肠病、异物等的治疗;某些肠道疾病(如肠套叠)手术中的配合治疗等。
乙状结肠镜(短肠镜)
优点：与结肠镜的优点相同。清洁肠道要求比较简单，几乎无不适感。
缺点：工作范围限于50cm以内，即降结肠下段、乙状结肠与直肠，可能漏掉50cm以上的肠道病变，而此段的重要病变并非少见。
适应证：50cm范围以内病变的确诊、治疗与随访。
CT(虚拟或仿真)肠镜
优点：工作范围可及全部结直肠，同时能提供某些肠道外病变情况，为此法独有。检查时间较短。
缺点：对设备要求高，是对病变形态的间接观察，不能取病理标本作诊断，也不能做治疗。有辐射损害。费用较高。
适应证：高质量的筛查或治疗后复查。
X线结肠双重气钡造影
优点：可观察全部结直肠病变的影像，同时可了解肠道运动情况，协助少数疾病的治疗为其强项。
缺点：受检查者的经验水平与设备条件影响较大。无法取病理标本确诊，不能做治疗。对凹陷性及平坦性病变识别能力较差。有辐射损害。
适应证：全部结肠病变的筛查、初步诊断与手术后随访