肛瘘早期症状主要表现为肛周瘙痒，也可出现排便不通畅等症状。
肛瘘是肛管、直肠和会阴皮肤之间的一种慢性感染通道，是后遗症，是肛门直肠周围脓肿破溃或切口引流，主要表现在肛瘘外口持续或间断流出少量脓性、血、黏液性分泌物。一部分较大的高位肛瘘，由于没有括约肌的局限，其瘘口可有粪便、气体排出。患有轻微肛瘘的病人可以外用药物来控制，比如红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等，如果出现局部炎症感染，可配合抗生素药物进行抗感染治疗，比如阿莫西林胶囊、青霉素V钾片、头孢克肟胶囊等，如果症状比较严重，需要做手术治疗。
肛瘘病人要每天用温水清洗伤口，保持局部的干净卫生，排便前后要用温水坐浴，可以减轻局部的疼痛。