1、具有较好的软组织分辨力。它可以清楚地分辨肌肉、肌腱、筋膜、脂肪等软组织结构，发现脑和嵴髓内数毫米的微小病变，可清楚显示颅底、脑干和小脑病变。MRI在中枢神经系统、骨关节系统及大部分实质性脏器的检查中有着绝对的优势。
2、具有多方位任意切面的能力，可清楚地显示病变所在的部位、范围以及和周围组织器官的相互关系。对许多病变的定性、定位和定量诊断有独特的优越性，无观察死角。
3、创伤小，辐射小，避免了其他放射影像学检查对人体的辐射损害。
4、心脏、大血管、胆道和尿道等部位无需造影剂即可清楚地显示心脏、大血管、胆道和尿道，可取代相当一部分有创性的X线造影检查，避免了病人在接受插管和静脉注射造影剂时的创伤痛苦和风险。