正常菌群的生理意义通常可以起到与人体保持平衡状态，还有利于其他的菌群相互制约和维持平衡。
人体正常的菌群通常可以发挥其营养和拮抗和免疫等生理作用，影响着生物体的物质代谢与转化，比如维生素、脂肪、碳水化合物、蛋白质合成，还有利于参加身体的胆汁和胆固醇以及激素代谢以及转，通常都需要正常菌群的参与，正常菌群抗原刺激可以使宿主产生免疫，有利于减少对本身的危害，同时诱发某些免疫过程中还可以起到抗癌的作用，有利于抑制癌细胞生长和杀灭癌细胞，是人体所必需的正常菌群，出现异常或是失衡的情况下，会导致身体的正常菌群出现紊乱，还可能会导致身体的代谢功能受到影响。
平时要保持合理的饮食，避免过多吃油腻煎炸以及生冷和刺激性的食物，可能会导致身体的健康造成影响，还可能会导致身体的正常菌群出现失衡或是引起身体多种不适症状，还可能会使身体的健康受到干扰，还要多锻炼身体，有利于增加身体体质和提高身体的免疫力，对身体健康也有较大的好处。