头皮上长了毛囊炎疙瘩以药物治疗为主，包括局部用药、口服药物、注射用药等，具体的治疗方法由病情的严重程度决定。
1、局部用药：头皮上毛囊炎长疙瘩主要是由于细菌、真菌等微生物感染所引起，需要在医生指导下涂抹抗菌药膏治疗如克霉唑乳膏、酮康唑乳膏、复方硝酸咪康唑软膏等。
2、口服药物：需要在医生指导下口服抗菌药物治疗，如头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊、头孢拉定颗粒等。
3、肌肉注射：当炎症浸润明显、侵犯较深病情较严重时，可以遵照医生嘱托通过注射方式帮助病情恢复，如注射用头孢哌酮钠舒巴坦钠、盐酸左氧氟沙星注射液、生理氯化钠溶液等。
除此之外，也可以通过激光手术、果酸焕肤、光子嫩肤等，也有利于疾病的缓解。