基础医学和临床医学的区别是侧重点不同，都属于医学类，但是门科和学科不同。
基础医学是指在学习过程中可以接触到一些基础的医学知识，主要是重点培养学术知识和实验操作，是搞基础医学实验的地方，可以学习和掌握一些医学知识，但是不可以当医生，在医学专业培养之后，可以掌握一些自然科学和生命科学以及医学科学的基本理论知识，以及医学方面的实验技能，可以从事多种基础医学的教学或者是科研。
临床医学也叫做西医，主要是看病手术来培养医生，临床医学一般在上研究生的时候就开始细化方向，可以根据学习内容来选择内科和外科或者是妇科和儿科，以及眼科和五官科等科室来进行分化，会掌握更多的临床知识，还会通过临床症状或者是相关检查来判断疾病。
基础医学和临床医学的区别还是比较大，虽然都属于医学专业，但是学习的门科和学科都存在着一定的差异，在学习基础医学和临床医学之前还是要根据个人的学习成绩以及志向等原因来判断，然后选择适合自己的科室进行学习和研究。