怀孕初期有深色分泌物有可能是因为受精卵着床、阴道炎、宫外孕等原因导致。
1、受精卵着床：在怀孕初期如果出现深色分泌物的情况下，有可能是因为受精卵着床的原因导致出现这种情况，如果身体没有出现其他的不适，不需要做特殊的处理。
2、阴道炎：阴道炎症发作时，可能会导致患者的阴道出现分泌物增多以及分泌物异常的情况，如果没有出现腹部疼痛，可以通过多喝温开水、注意局部卫生进行缓解。
3、宫外孕：患者如果出现宫外孕的情况下，可能会导致怀孕初期，阴道内出现深色的分泌物，也不排除会出现腹部疼痛，如果疼痛比较剧烈的情况下，需要及时到医院通过手术的方法治疗。
除上述原因之外，还有可能是因为先兆流产引起，需要及时检查确诊之后治疗。