怀孕两个月上厕所有褐色分泌物可能是激素影响、情绪紧张、宫外孕等情况导致的。患者可以到医院检查确定原因，对症治疗。
1、激素影响：怀孕后体内的激素水平会升高，有可能会导致虹膜出现出血，属于正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2、情绪紧张：如果患者情绪比较紧张，可能会影响内分泌，导致激素水平波动，有可能会引发子宫内膜的血管发生破裂，产生少量流血，导致分泌物出现褐色。通过适当倾诉、户外散步、听音乐等方式缓解症状。
3、宫外孕：如果患者的情况持续得不到缓解，并且伴有下腹部坠痛等症状。可能是宫外孕导致的。可以遵医嘱使用腹腔镜手术、输卵管切开术、输卵管切除术等方式终止妊娠治疗。
除了以上常见的原因外，还有可能是先兆流产导致的，具体的原因可以到当地正规的医院检查，确诊后对症治疗。