头孢氨苄和头孢克肟区别主要是分类不一样，而且两者所治疗的疾病通常也会有所区别，可以根据自身的情况选择合适的药物，从而达到比较好的治疗效果。
1、分类不一样：头孢氨苄一般属于第1代的头孢类抗生素，应用通常会相对比较早。头孢克肟属于第3代的头孢类抗生素，发现的时间比较晚，因此用药的时间也会比较晚；
2、治疗的疾病不同：头孢氨苄主要是针对革兰氏阳性菌感染，通常会相对比较敏感，可以用于治疗敏感菌所引起的呼吸道感染，或者是泌尿道感染，还可以用于治疗妇产科感染以及皮肤软组织感染等疾病，比如急性扁桃体炎或者是中耳炎，还可以用于治疗肺炎以及尿道炎。头孢克肟对革兰阳性球菌的抗菌作用通常不如头孢氨苄，可以用于治疗呼吸道感染以及泌尿系统感染还可以用于治疗胆道感染等疾病。
头孢氨苄和头孢克肟都属于头孢类的抗生素，用药上通常会有所区别，因此在用药的时候需要严格遵医嘱，自己不可盲目服用，用药之前最好能够先到医院做一下检查。