甲沟炎肉芽可以通过外用药物、口服药物、物理治疗的方法来进行祛除，具体要根据自身情况来判断。
1、外用药物：甲沟炎一般是局部受到真菌感染的原因，可能会导致局部皮肤出现破损，导致肉芽组织增生，可在医生指导下使用盐酸特比萘芬片、酮康唑乳膏等药物，能够起到抗菌消炎的功效，缓解症状。
2、口服药物：甲沟炎肉芽可能会合并细菌感染，通常会导致局部出现炎症反应，可以口服头孢克肟片、阿莫西林胶囊等抗生素，能够有效的抑制细菌感染。
3、物理治疗：甲沟炎肉芽也可以利用物理方法进行祛除，在医生指导下使用红外线治疗、超短波等方法能够促进肉芽组织招生。
除此之外，还可以采取手术等方法来进行治疗，需要在专业医生指导下操作。