克林霉素凝胶的副作用通常是比较小的，多数人群一般不会有明显的副作用，但是部分人群可能会因为涂抹不当或者是自身皮肤的原因出现了过敏症状，也会对皮肤组织造成刺激，还可能会出现肠胃不适等症状。
克林霉素凝胶适当的涂抹并不会干扰到局部恢复，但是如果皮肤过敏或者是患者角质层较薄的情况下，可能会在使用过程中对皮肤造成刺激，从而引起局部疼痛、肿胀、脱皮、发红等。部分人群在涂抹以后，可能会出现肠胃不适症状，比如腹部疼痛以及肿胀等。出现不良副作用时，需要立刻停止涂抹，及时选择清水冲洗，做好局部的护理工作，还可以通过适当喝水的方式促进血液循环以及代谢，对于症状的改善会有帮助。如果没有得到改善，则需要选择过敏药物，比如西替利嗪，达到抗过敏效果，有助于局部瘙痒症状改善。
克林霉素凝胶是一种局部外用药物，一般需要使用温水擦拭局部组织，然后涂抹适量的凝胶在患处，选择适当的按摩，促进局部吸收和利用，可以帮助寻常痤疮症状改善。