基础代谢是病菌的最基本特点之一，它包含胞内全部化学变化和物理反应的总数。病菌的新陈代谢包含合成代谢和吸收代谢。吸收代谢为合成代谢出示所需要的动能和原材料，而合成代谢也是吸收代谢的基本。酶是衣食住行体细胞生成的独特蛋白，具备专一性，能催化反应特殊的栽培基质(底物)而开展特异反映。一个细菌细胞中有多种多样酶，这种酶得以催化反应全部体细胞的所有新陈代谢活动。一个细菌细胞内生成的酶和多种多样酶协同起來组成酶系。
病菌吸气代谢类型
依据病菌对氧的需要不一样，关键分成四类：
(1)专性需氧菌(Obligateaerobe)如结核菌;
(2)专性绿脓杆菌(Obligate anaerobe)如破伤风杆菌;
(3)兼性厌氧菌(Facultative anaerobe)在有氧运动或无氧运动或无氧运动自然环境中都能生长发育，但以有氧运动时生长发育不错，大部分病菌属该类;
(4)微需氧菌(Microaerophilic bacteria)如空肠弯曲菌，宜在氧合压下生长发育，氧压提高对其有抑制效果。一般病菌在新陈代谢中需小量的CO2，以出示病菌生成核苷酸中的漂呤、嘧啶等。
病菌的吸收代谢
1. 糖原的溶解：
病菌代谢胞外酶，将菌身体之外的含糖量转化成单糖(葡萄糖)后再消化吸收。各种各样病菌将含糖量溶解为单糖，从而转换为丙酮酸，这一全过程是一致的。丙酮酸的运用，需氧菌和绿脓杆菌则不同样。需氧菌将丙酮酸经三羧酸循环完全转化成CO2和水。绿脓杆菌则发醇丙酮酸，造成各种各样酸类(如苯甲酸、甲酸、丙酸、丁酸、乳酸菌、琥珀酸等)、代烃(如溴化氢)、醛类(如酒精、甲酸羟基乙醇、异丙醇、丁醇等)、大环内酯(如甲苯)。不一样病菌具备不一样的酶，对糖原的溶解工作能力和新陈代谢物质也不一样，借此机会能够辨别病菌。
2.蛋白的溶解：
蛋白质分子在病菌代谢的蛋白质水解水解作用下，在肽键处破裂，转化成活性多肽和二肽。活性多肽和二肽在肽酶的功效下水解反应，转化成各种各样碳水化合物。二肽和碳水化合物可被病菌消化吸收，碳水化合物在身体脱羟基水解作用下，经脱羟基功效转化成氨。不一样种病菌在不一样的标准下所开展的脱羟基功效的方法(空气氧化脱羟基、水摆脱羟基、复原脱羟基)及新陈代谢物质也不一样。可借此机会辨别病菌。如一些病菌能使色氨酸空气氧化脱羟基，转化成吲哚、C02和H20.病菌可以用脱羧酶使碳水化合物脱羧，转化成丙烯胺(如亚硝胺)和C02.
3.病菌对别的物质的溶解：
病菌除能溶解糖和蛋白外，对一些有机化合物和无机化合物也可分解运用。各种各样病菌造成的酶不一样，其新陈代谢的栽培基质不一样，新陈代谢的物质也不一样，故可用以辨别病菌。