阴茎根部右侧疼痛炎症刺激、生殖器拉伤、精索静脉曲张等原因引起，这时候需要到医院泌尿外科做泌尿系统超声检查，才能起到明确诊断效果。
1、炎症刺激：没有做好生殖器部位清洁卫生，就有可能会引发细菌滋生，出现泌尿系统感染时候就会伴有局部疼痛，需要在医生指导下服用甲硝唑片、盐酸左氧氟沙星片、头孢克肟片等药物来做治疗。
2、生殖器拉伤：在同房时之后没有控制好力度，过度性生活容易引发阴茎或者阴茎海绵体损伤，也就会伴有疼痛，需要注意休息，可以对局部做热敷，能起到缓解作用。
3、精索静脉曲张：患有精索静脉曲张也会使睾丸酸胀和右侧疼痛，在明确诊断后需要做手术治疗。
在生殖器部位出现疼痛感后，要立即到医院泌尿外科检查，在治疗期间要戒掉自慰，恢复之前不可以同房。