用了漱口水两腮内壁疼可能是生理性因素造成的，也可能是口腔内壁发炎、病毒感染等病理性因素引起的，需要到医院检查，明确是否为病理性因素引起，确诊后在医生的指导下对症治疗。
一、生理性因素
用漱口水时，先含在口腔中，缓慢鼓动两腮，使漱口水充分接触牙龈，含漱1分钟左右即可。口腔含漱口水时间过长，或者鼓动两腮频率过高都会造成内壁损伤，引起疼痛。这属于正常的生理因素，一般不需要治疗，患者注意采用正确的方式用漱口水即可。
二、病理性因素
1、内壁发炎：进食等原因无意损伤口腔内壁，会导致感染发炎，引起疼痛。可以口服乙酰螺旋霉素片、甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗。
2、病毒感染：由于疱疹病毒感染，会使口腔黏膜主生水泡，伴随疼痛感。可以口服阿昔洛韦、泛昔洛韦片等药物治疗。