跑步的时候右边肚子疼可能是肌肉损伤、肠炎、阑尾炎等因素所引起，需要根据原发病因对症治疗。
1、肌肉损伤：在跑步的时候，如果动作太过剧烈或者时间过长，可能会对局部的肌肉产生刺激，引起肌肉损伤，伴随着肚子疼痛，需要通过多休息的方式帮助症状改善。
2、肠炎：肠炎一般是指肠道部位出现了炎症感染，在肠炎发作的时候跑步也会引起右边肚子疼痛，需要遵医嘱服用阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊、诺氟沙星胶囊等药物治疗。
3、阑尾炎：阑尾炎一般是指阑尾部位出现了炎症感染，可能是不规律的饮食习惯所造成，在跑步的时候也会引起肚子疼痛，阑尾炎不是特别严重，可以通过药物治疗，阑尾炎比较严重时，需要通过做手术的方法治疗。
此外跑步的时候右边肚子疼痛，也可能是肠道胀气等因素所引起，需要查明原因后合理治疗。