三个月宝宝脚上长水泡可能是由于患有手足口病或者是水痘等疾病引起的，也有可能是长了婴儿湿疹，所以会导致脚上长水泡，可以通过药物治疗的方法改善。
1、手足口病：手足口病通常是由于病毒感染所引起的，而且还具有一定的传染性，两周岁以下的宝宝患病的几率会比较高，手上或者是脚上通常会出现一些水泡，而且也会长在臀部并伴有发烧等现象。手足口病可以使用干扰素喷雾或者是利巴韦林进行治疗，能够使病情得到控制。
2、水痘：水痘通常是由于水痘带状疱疹病毒感染所致，如果与感染者有过密切接触会增加患病的几率，水痘也会导致身上有水泡，而且还会伴有发烧以及皮肤瘙痒。可以外用炉甘石洗剂治疗，能够缓解瘙痒的症状，如果患者免疫力低下可以使用抗病毒的药物治疗。
3、婴儿湿疹：婴儿湿疹通常与过敏性因素有关，皮肤上会出现一些红色的丘疹或者是丘疱疹，所以会导致脚上长水泡，而且还会引起瘙痒。可以涂抹炉甘石洗剂进行治疗，如果伴有明显的炎症反应，也可以涂抹地塞米松软膏。