蛋白质是一种极为重要的物质，它是生命运行过程中必不可少的物质，蛋白质在体内经过消化系统分解为糖分等更为精细的营养物质，为身体源源不断的提供能量。而蛋白质的种类非常多，其中，不同的蛋白质之间可以相互作用，下面就来看看蛋白质相互作用方法是什么呢？
研究DNA-蛋白质相互作用的实验方法主要包括：a、凝胶阻滞实验；b、DNase1足迹实验；c、甲基化干扰实验；d、体内足迹实验；f、拉下实验。研究蛋白质/ 核酸相互作用近期采用的新技术有：核酸适体技术、生物信息学方法、蛋白质芯片技术以及纳米技术等。
蛋白质分子的相互作用：
一、生物大分子的相互作用：生物大分子发挥生理功能所需的三个条件：分子结构、分子运动和变化以及分子间的相互作用。
1、非共价键的左右：离子键、氢键、范德华力和疏水键。信息的传递以及利用极大地以来弱的非共价键。它们不仅决定着生物的大分子的三维结构，还决定着这些结构如何与其他结构相互作用。
2、作用力特点：分子的结合与解离
二、蛋白质-蛋白质相互作用蛋白质之间相互作用的结构模式：通过蛋白质的模体或基元或者结构域而发生作用。
三、DNA-蛋白质相互作用：两者之间相互作用的化学键
1、氢键：具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。
2、疏水键：暴露于大沟侧源的T-CH3集团是疏水性的，可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。
3、离子键蛋白质也属于生物大分子，存在氢键、范德华力和疏水键由于这几种作用力的存在，使得蛋白质更加稳定。